Прошло четырнадцать лет после Третьего удара. Планета окончательно погрузилась в руины, а люди, которые были дороги Синдзи, изменились до неузнаваемости. Его, запертого в Ева-01, возвращают из космоса Аска и Мэри, но только для того, чтобы сделать пленником WILLE - военной организации, возглавляемой Кацураги Мисато. Его бывшие союзники относятся к нему в лучшем случае с подозрением, в худшем - с отвращением, а когда он пытается разобраться с последствиями своих действий - оставляют его без внимания.
Страдающего от непонимания Синдзи спасает и доставляет в остатки штаб-квартиры NERV Рэй. Там он знакомится с таинственным Нагисой Каору - первым человеком с момента возвращения, который радушное его встречает и объясняет, в каком состоянии находится война с Ангелами. Но новая битва, прерывающая их недолгий покой, показывает - теперь главный противник Синдзи не Ангелы, а прежние товарищи, и в сражении за будущее мира он выясняет, что некоторые вещи действительно не исправить...
(c) FindAnime