Действие истории разворачивается в Токио в 2029 году. Динозавры, которые, как долгое время считалось, вымерли в результате падения астероида, тайно выжили, передавая свою ДНК человечеству посредством скрещивания. Скрываясь среди обычных людей, они теперь охотятся на людей, оставаясь незамеченными в обществе.
Противостоит им тайный орден ниндзя, владеющих «Рюгэсё» — особым пигментом, пронизанным древними воспоминаниями. Нанося этот загадочный пигмент, они пробуждают в себе силы динозавров и сражаются с хищниками, угрожающими человечеству.
Когда динозавры начинают свою кампанию по уничтожению человечества, ниндзя встают на их пути, чтобы остановить их. Начинается битва за выживание двух видов.
