Когда-то давно, когда завершилась кровавая мировая война, человечество укрылось в шести городах-государствах, в которых все живут в мире и спокойствии... По крайней мере, так выглядит снаружи. Но Сиону, представителю элиты города-государства Номер 6, открывается новый взгляд на мир, когда он встречает таинственного мальчика по имени Недзуми ("Крыса"). Он говорит, что живет за стенами утопических городов, в разоренных пустошах, как и многие другие. Несмотря на то, что мальчик - беглый преступник, Сион решает пустить его переночевать. У этого поступка оказываются катастрофические последствия: Сиона и его мать лишили статуса элиты и переселили в другое место. Теперь темная сторона города заявила…